Sul finire dell'Ottocento un diffuso e radicato anticlericalismo serpeggiava in Como. Il pensiero positivista e razionalista si era andato propagando e si accompagnava all'affievolirsi del sentimento religioso.

La sede episcopale era vacante.

Il santuario del Crocifisso era in declino; alla morte del parroco priore l'amministratore della diocesi manifestò il desiderio di affidare il tempio a una congregazione religiosa. Dopo un primo parere contrario, la fabbriceria del santuario diede il proprio assenso.

Il 25 ottobre 1891 fece il suo ingresso in diocesi il vescovo Andrea Ferrari che subito si interessò della chiesa 'che ha il nome e la realtà di santuario, dove accede un gran numero di fedeli per la venerazione del miracoloso santissimo Crocifisso'.

Nel febbraio 1893 il vescovo si rivolse al Preposito Generale dei Padri Somaschi che accettò la proposta. Venivano richiesti, per il momento, tre padri 'di distinta capacità, operosità e salute', in modo da tenere alto il prestigio del santuario-parrocchia di 2114 anime, a cui confluivano per le confessioni le persone più colte della città e di una vasta zona circostante, nonché grandi masse di fedeli, anche extradiocesani.

Il 17 dicembre 1893 faceva il suo ingresso in parrocchia il primo parroco priore somasco, padre Vincenzo de Renzis.

Parroci priori dal 1893 

padre VINCENZO DE RENZIS (1893-1912)

padre GIOVANNI CERIANI (1913-1945)

padre SABA DE ROCCO (1946-1954)

padre GIUSEPPE COSSA (1954-1967)

padre ALESSIO ZAGO (1967-1983)

padre ANTONIO PESSINA (1983-1992)

padre LUIGI GHEZZI (1992-1998)

padre FRANCESCO REDAELLI (1998-2007)

padre LIVIO BALCONI (dal 2007)